La guillotina comenzó en el Torneo Apertura 2011, Joaquín del Olmo, entrenador que en mayo 2011 consiguió el ascenso con los perros prehispánicos, dejo el cargo cuatro meses después, debido a que el equipo no conseguía ganar, pese a que no desempeñaba un mal futbol. Su lugar fue tomado por Antonio ‘Turco’ Mohamed, quien un año después le dio al club su primer título de Liga.
Después de Mohamed, quien dirigió al equipo hasta mayo de 2013, llegó Jorge Francisco Almirón, técnico que solo duro ese semestre, para luego cederle su lugar al venezolano, Cesar Farías. Con el bolivarense, Tijuana logró acceder a la liguilla del Clausura 2014, para su mala fortuna, el equipo se cayó en el siguiente certamen y terminó siendo sustituido por Daniel ‘El Travieso Guzmán’, estratega que dejó el cargo tras concluir el Clausura 2015.
Tras Guzmán, Rubén Omar Romano entró al quite, el plantel limitado y los malos resultados le cobraron factura y luego de caer en casa ante América el 16 de octubre de 2015, fue sustituido interinamente para el resto de torneo, por Raúl Chabrand.
Del Clausura 2016 al Apertura 2017, Miguel ‘El Piojo’ Herrera se hizo cargo, después de un torneo malo consiguió dos lideratos de Liga y a final del torneo pasado dejó el cargo, mismo que posteriormente tomó Coudet.
‘Chacho’ se va del club, dejándolo en la duodécima posición de la tabla general con 18 puntos, consecuencia de un saldo de cinco victorias, tres empates y siete derrotas.
